El nuevo ábside del templo se construye a mediados del S. XVI, por cesión de la callejuela de Carlos V al convento. En 1621, nos encontramos el testamento de Gómez Fernández de Solís y Figueroa, vecino de esta ciudad de la Parra, marqués de Priego, conde de Feria, donde dona 500 ducados de oro para la construcción de la capilla mayor del monasterio. Pero la donación tiene como fin el enterramiento de sus padres y de él mismo, como así lo atestigua su testamento: “Con tal condición que los frailes del monasterio o su provincia trasladen los cuerpos de mis señores padres que presente están enterrados en la iglesia del señor San Blas en la villa de Salvatierra a la dicha capilla en medio de ella y los huesos de la madre mi señor que están en San Francisco de Cáceres”.
Lo preside un retablo neoclásico levantado en 1818 por Ángel Busto Hernández, tras haberse incendiado el anterior, pero sin cambiar nada en forma y contenido. Formado por un cuerpo de tres calles y ático, las columnas lisas y rematadas con capitel corintio. En hornacina central imagen sedente de Santa María del Castillo (fines finales del siglo XV) procedente de la Iglesia de Santa María del Catillo (antigua catedral) dentro del recinto de la Alcazaba, flanqueada por los cuatro padres de la Iglesia de oriente (San Ambrosio, San Agustín, San Gregorio Magno y San Jerónimo) del pintor polaco del siglo XIX, asentado en la ciudad, Antonio Lucenqui. En el ático, imagen de madera policromada de Nuestra Señora de Gracia (siglo XVI). Las pinturas del retablo tienen que leerse en clave de “Pinturas Tebaidas”.
A ambos lados del retablo se sitúan diversas pinturas que representan la Sagrada Familia, imposición de la casulla de San Ildefonso, huida a Egipto de la Sagrada Familia y Coronación de la Virgen, de Antonio Lucenqui. En el suelo, dos enterramientos, en la base del evangelio, el Obispo pacense y agustino, Fray Agustín de Antolínez y en la nace de la epístola, el señor General de Artillería don Alonso Pérez de Vivero y su hija Paula Vivero. Y por encima de las sepulturas, un cuadro de san José con el niño, obra de Juan Patricio Morlete Ruiz, destacado pintor del S. XVIII en el Virreinato de la Nueva España. Y en frente, un cuadro anónimo, de Santa Teresa entregando el escapulario de la Virgen del Carmen a san Simón Stock.
De mayores dimensiones, a ambos lados del presbiterio, enfrentados entre sí, dos pinturas al óleo que representan la liberación de San Pedro por el Ángel de la cárcel, en Jerusalén, de estilo naturalista y David vencedor contra Goliat, pertenecientes a la primera mitad del siglo XVII. En ambos muros, a derecha izquierda, se encuentran los cenotafios de los tenientes generales de los ejércitos y comandante de Extremadura durante la guerra de sucesión española: don Alejandro de Maitre de Bay y Poutier, marqués de Bay, fallecido en 1715 y don Juan Antonio de Almesaga, fallecido en 1717. Sus enterramientos quedan en el suelo marcando con una lápida, inscripción y escudo.
